中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹科研团队与陕西省考古研究院等单位，历时13年对来自石峁遗址及周边、晋南地区遗址共169例古代人骨样本展开大规模、高分辨率、系统性古DNA研究，以遗传学证据证实石峁文化人群主体源于陕北仰韶晚期人群，确立了其文化和人群发展的连续性；揭示石峁文化人群与晋南陶寺文化人群、北方裕民成分相关人群、南方稻作农业人群之间存在密切关联，展现出史前农牧业人群广泛的互动交流历史场景；通过重建石峁古城内部横跨四代的家族谱系，清晰透视其以父系亲缘为核心构建社会等级的运行模式，为理解中国早期国家的形成发展过程提供了社会组织范本，为探究东亚早期国家起源的权力继承模式、统治家族与社会阶层构成提供了首个直接的遗传学证据。
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